Nota Fiscal - Correção

Bom dia, 
To com uma situação e não sei como agir. Uma empresa que pediu para dá baixa e fui ver como ta a empresa. 
A questão é a seguinte: a empresa emitiu notas fiscais em um sistema da prefeitura, e depois a prefeitura mudou o sistema, a pessoa responsável pela emissão das notas ao invés de dá continuidade na numeração das notas fiscais no novo sistema e recomeçou a numeração das notas com 01, 02  e assim sucessivamente e agora consta 2 notas fiscais com numeração 01, 2 notas fiscais com numeração 02 de anos diferentes, de anos de 2020, 2022, e agora devido o tempo não dá para fazer carta de correção e fazer a inutilização delas e essas novas notas emitidas com numeração duplicada não foram calculado imposto, ou seja, não fizeram o simples dela.  Como consigo resolver essa questão ?
Sera que se eu fizer o simples dessas notas vai dá algum problema, além das multas?

Não sei o que seria melhor a fazer agora .

Simone,
Em algumas prefeituras, e tivemos casos no escritório, a troca do sistema reinicia a numeração das notas, já que é automática. O ideal seria se informar na Prefeitura em questão.
Entendo que retificar o PGDAS é o correto, assim como recolher os impostos recalculados.