Tipo e Frete - CIF ou FOB

Boa tarde!

Prezados, 

Estou com uma duvida referente a um procedimento que foi executado, na empresa que trabalho. 
Fizemos algumas NFs de entrada de formulário próprio contra nossa própria empresa no intuito de "anular" algumas operações divergentes, porem ao montar a NF, no campo tipo de frente foi incluído o tipo "CIF", visto que iremos arcar com o pagamento do frete.

Porem, a transportadora está cobrando o valor do remetente (o cliente original) e informando que o certo deveria ser "FOB", já que o pagador é o destinatário (minha empresa), mas a meu ver, como estamos fazendo uma NF de entrada e iremos coletar com esse documento e também iremos pagar o frete, seremos o emissor, remetente e destinatário, o destinatário da NF original, nada mais é que um ponto de coleta, assim não devendo ser FOB.

Alguém já passou por isso, ou, detém de alguma matéria especifica sobre esse tipo de operação ?

Desde já agradeço o apoio!