Divergência de informações

No caso de um órgão federal, quando o CNPJ constante na nota fiscal de serviços emitida pelo prestador é diferente do CNPJ indicado no respectivo empenho, é possível efetuar o pagamento normalmente, ou há impedimento legal/contábil para a liquidação da despesa? Vale ressaltar que, a raiz do cnpj é a mesma, porém a nota de serviço foi emitida para a matriz, e não para filial conforme o empenho realizado.