Boa tarde!
Existe outra opção, conforme Inciso VII Art. 63 RICMS/SP:
"Artigo 63 - Poderá, ainda, o contribuinte creditar-se independentemente de autorização (Lei 6.374/89, arts. 38, § 4º, 39 e 44, e Convênio ICMS-4/97, cláusula primeira):
VII - do valor do imposto indevidamente pago em razão de destaque a maior em documento fiscal, até o limite estabelecido pela Secretaria da Fazenda, mediante lançamento no livro Registro de Apuração do ICMS, no quadro "Crédito do Imposto - Outros Créditos", com a expressão "Recuperação de ICMS - Art. 63, VII, do RICMS", observado o disposto no § 4º"
(https://legislacao.fazenda.sp.gov.br/Paginas/art063.aspx)
O limite no estado de SP é de 1.000, conforme Art. 1 da PORTARIA SRE N° 084, DE 05 DE OUTUBRO DE 2022 e cada unidade corresponde a R$ 37,02, sendo assim, limite de R$ 37.020,00.
(https://legislacao.fazenda.sp.gov.br/Paginas/Portaria-SRE-84-de-2022.aspx)
Sendo assim, há a possibilidade de lançar em livro fiscal como "Ajuste" conforme a legislação acima, desde que o cliente mande uma carta de não aproveitamento sobre a diferença, para que haja respaldo legal quanto a este valor se a receita estadual vir questionar.
Aqui no Paraná, quando há este tipo de situação, também abrimos um RO-E (Registro de Ocorrência Eletrônico) para deixar a receita já informada sobre este valor.