Boa tarde, Edvaldo! Tudo certo?
Com as informações passadas não está correto.
Primeira dúvida que surge é, este transporte é das vendas própria da empresa? Se sim, não se faz necessário a emissão de NFS-e nem de CT-e. A empresa pode realizar a entrega por meio de emissão de MDF-e.
Agora, se for um serviço de transporte de terceiros, no qual ela pega uma mercadoria em um ponto e leva a outro e, possui uma receita sobre isto, temos pontos a ressaltar:
1° - O serviços de transporte municipal é sujeito ao ISS, código de serviço LC 116/2003 16.02;
2° - O serviço de transporte intermunicipal é sujeito ao ICMS e deve ser emitido CT-e, conforme a legislação estadual;
3° - A tributação no simples nacional é feita de forma especial, sendo a operação dentro do município tributada no Anexo III normal com ISS devido ao município e, as operações interestaduais no Anexo III com a exclusão da alíquota do ISS e a inclusão da alíquota do ICMS do Anexo I;
OBS: O ICMS nas operações de serviço de transporte é devido para o estado onde se iniciou a operação, logo atente-se a isto pois dentro do simples pode ter vários valores para vários estados diferentes dentro da mesma competência e, mesmo que possua diferimento em entregas dentro do mesmo estado em alguns estados, como está no Simples Nacional não há o aproveitamento do benefício.