frete

Estou com uma dúvida, existe incidência de icms no frete na emissão de uma nota fiscal? se sim, como efetuar o calculo se existir aliquotas diferenciadas por produto?

Você está querendo dizer, se for um frete executado por veículo da empresa emitente da nota, e esta incluir o valor no campo fretes?
se for este caso, incide na base de cálculo do ICMS sim.

Neste caso se o frete for prestado pela propria empresa que está emitindo a nota fiscal, se caracteriza como despesa acessoria e integra a base de calculo do ICMS. Não havendo valores diferenciados para apuração do mesmo, podendo ainda integrar com beneficios, se for o caso.