A alíquota do ISS é definida pelo município do local da prestação do serviço, conforme a Lei Complementar nº 116/2003.
Logo, se o serviço foi prestado em município cuja alíquota é 3%, essa é a alíquota correta, independentemente do domicílio do tomador.
O fato de o sistema nacional de NFS-e puxar 5% automaticamente ocorre porque ele usa, por padrão, o município do tomador, mas isso não altera a regra legal.
Como proceder corretamente:
- A retenção deve ser de 3%, se o serviço é devido no município do prestador/local da execução.
- O tomador não pode reter 5% se não houver previsão legal de retenção no município competente.
- Se o sistema não permitir ajustar a alíquota:
* emitir a NFS-e sem retenção ou
* ajustar por declaração complementar, conforme regra municipal.
- Nunca recolher ISS em município diverso do competente, pois gera recolhimento indevido e risco fiscal.
O ISS segue o local da prestação, não o CNPJ do cliente. Sistema não sobrepõe a lei.