Olá Dora, tudo bem?
No retorno da industrialização, a nota fiscal não substitui as notas de serviço já emitidas pelas etapas executadas. As NFS-e de prestação de serviços continuam sendo os documentos válidos para cobrança da mão de obra e receita da industrialização, inclusive para fins de ISS e Simples Nacional.
Na NF-e de retorno da industrialização, você deve emitir nota de retorno simbólico/físico das mercadorias recebidas, utilizando o CFOP 5.902 (retorno de mercadoria remetida para industrialização por encomenda), informando o valor das mercadorias recebidas do encomendante, sem destaque de ICMS (regra geral).
O CFOP 5.124 (industrialização efetuada para outra empresa) pode constar na mesma NF-e de retorno apenas para efeito informativo, sem duplicar cobrança, sem destaque de imposto e sem gerar receita, quando o fisco estadual exigir que o valor da mão de obra apareça vinculado ao retorno. Nesse caso, o valor lançado em 5.124 deve corresponder exatamente ao que já foi faturado via NFS-e nas etapas, apenas para amarrar a operação.
Se o seu Estado não exigir a indicação da mão de obra na NF-e de retorno, a prática mais segura é emitir a NF-e somente com o CFOP 5.902, referenciando, nos dados adicionais, as NFS-e emitidas pelas etapas da industrialização.
A cobrança da mão de obra fica nas NFS-e; a NF-e de retorno serve para devolver a mercadoria; o CFOP 5.124, quando usado, é apenas informativo, nunca para cobrar novamente. Isso evita bitributação, inconsistência fiscal e problemas na fiscalização.