Compra de peças para substituição

Boa tarde.
Caros colegas, empresa recém chegada ao escritório é simples nacional com atividade de comércio de peças novas automotivas e prestação de serviços de instalação e manutenção de veículos se encontra na seguinte situação:
Cliente  fechou um contrato com uma empresa  (vamos chamar de empresa X) que presta serviços para seguradoras. Na prática estão trabalhando da seguinte maneira: Meu cliente adquire a peça (por exemplo um conjuto de farol) em nome de sua empresa, efetua o serviço de troca e após o serviço executado, ele emite uma NF de venda deste farol para a empresa X, porém com desconto em NF do valor do serviço (que foi recebido através do pagamento da franquia  pelo proprietário do veículo) sem a emissão de NF de serviço. 
Exemplificando:  - Compra mercadoria R$ 1500,00
                               - Valor combinado prestação de serviço - R$ 570,00 
                               - Recebe através do proprietário (franquia)  - R$ 690,00

Mediante esses dados cliente emite a nota de venda no valor de R$ 2.070,00 (Mercadoria mais serviço), porém destaca um desconto de R$690,00 (já recebido), ficando o valor total da nota de venda  R$ 1.380,00 (Não paga nem a peça rsr)
Entendo que o correto seria cliente emitir uma nota de venda (valor aproximado a R$ 1.500,00, mesmo que não tenha lucro nesta venda) e outra de serviço de R$ 570,00 em separado. 
Estou confuso com essa operção, se algum colega puder me dar uma "Luz", ficaria imensamente agradecido. Desde já, obrigado à todos.