Transportador subcontratado

É permitido que os dados de um transportador subcontratado saia no campo "DADOS DO TRANSPORTADOR" na nota fiscal do cliente final?

Não é obrigatório e, fiscalmente, pode gerar confusão, embora não seja explicitamente proibido se houver a devida amarração documental. 

A regra fiscal determina que o campo "Dados do Transportador" na Nota Fiscal Eletrônica (NF-e) do cliente final deve conter as informações da transportadora contratada originalmente pelo embarcador (a subcontratante), pois é ela quem assume a responsabilidade legal e fiscal pela entrega perante o cliente. 

O que responder (Opções de Mensagem
)Se você precisa responder a um cliente, fornecedor ou parceiro comercial, escolha uma das opções abaixo dependendo do seu objetivo:
Opção 1: Resposta padrão e recomendada (Foco nas boas práticas fiscais)
              "O ideal é que o campo 'Dados do Transportador' na NF-e traga as informações da transportadora principal (subcontratante). Como a subcontratante é a responsável legal pelo frete perante o cliente final e a emissora do CT-e normal, os dados dela evitam divergências na fiscalização. Caso o transportador subcontratado realize a entrega, os dados dele devem constar no Manifesto Eletrônico (MDF-e) e, se necessário, no campo de Informações Complementares da NF-e."

Opção 2: Resposta técnica/jurídica (Foco na legislação)
                 "Fiscalmente, quem deve figurar no grupo de transporte da NF-e é a empresa contratada para a prestação (subcontratante), que é a tomadora original do serviço. Colocar a subcontratada diretamente no campo principal da NF-e pode gerar cruzamentos incorretos pelo Fisco. A subcontratação é uma operação interna entre as transportadoras, acobertada pelo CT-e de subcontratação e vinculada formalmente no MDF-e, que é o documento correto para identificar o veículo e o motorista que de fato estão rodando."

Como funciona a amarração fiscal correta
Para que a operação fique 100% regular perante a Receita Federal e as Secretarias de Fazenda (SEFAZ), a estrutura de documentos deve seguir este padrão:
Na NF-e do Cliente Final: Dados da Transportadora Subcontratante no campo do transportador.
No CT-e Normal (Emitido pela Subcontratante): Dados do cliente (embarcador/destinatário) com a indicação de que o serviço será realizado por terceiros. 
No CT-e de Subcontratação (Emitido pela Subcontratada): Referencia o CT-e original e traz a transportadora principal como tomadora do serviço (com o CFOP adequado como 5.360 ou 6.360). 
No MDF-e (Manifesto de Carga): Este sim deve conter os dados exatos do veículo físico e do motorista da transportadora subcontratada que está realizando o trajeto.