Acerto de estoque

Olá Pessoal.
Qual é a forma correta fiscalmente e contabilmente de proceder com ajuste de estoque quando saldo físico é maior que o saldo fiscal numa empresa lucro real? 
Quando o saldo físico é menor que o fiscal, emito uma nota de baixa de estoque e estorno os impostos. Esta correto o procedimento?

Desde já, grata pela ajuda.

Sim, o seu procedimento para saldo físico menor (perda) está correto, mas com ressalvas importantes sobre a dedutibilidade do IRPJ/CSLL. Abaixo, detalhadamente como proceder nos dois cenários (físico maior e físico menor), considerando as esferas fiscal e contábil para uma empresa no regime do Lucro Real. 

1. Cenário: Saldo Físico MAIOR que o Fiscal (Sobra de Estoque)
Este cenário indica que existem mercadorias fisicamente no galpão que não foram registradas no sistema (omissão de entrada ou erro de contagem). 
Procedimento Fiscal
- Emissão de Nota Fiscal: A empresa deve emitir uma Nota Fiscal de Entrada (Emissão Própria) para regularizar a entrada dessas mercadorias.
- CFOP: Geralmente utiliza-se o CFOP 1.949 / 2.949 (Outra entrada de mercadoria ou prestação de serviço não especificada).
-  Impostos (ICMS/IPI/PIS/COFINS): Não há destaque e nem direito a crédito de impostos nessa nota de ajuste. Além disso, perante o Fisco Estadual, a sobra física pode ser interpretada como indício de compras sem nota, gerando passivo fiscal se não for bem justificada. 

Procedimento Contábil (Lucro Real) 
A contrapartida da entrada do estoque deve ser reconhecida como Receita Operacional, a qual é integralmente tributável pelo IRPJ, CSLL, PIS e COFINS no Lucro Real.

D - Estoque (Ativo Circulante)
C - Ganhos com Ajustes de Inventário / Outras Receitas Operacionais (Resultado)  

Nota Importante: Se a sobra for decorrente de um erro crasso de períodos anteriores (ex: uma nota de compra de 2024 que nunca foi lançada), o ajuste contábil deve ser feito contra a conta de Ajustes de Exercícios Anteriores (Patrimônio Líquido), reapurando o Lucro Real daquele ano e recolhendo as diferenças de impostos com juros e multa. 

2. Cenário: Saldo Físico MENOR que o Fiscal (Falta/Perda de Estoque)
Você mencionou que emite a nota de baixa e estorna os impostos. Esse procedimento está fiscalmente correto, mas exige atenção na dedutibilidade do Lucro Real.

 Procedimento Fiscal
- Emissão de Nota Fiscal: Emitir uma NF-e de Saída para regularização de estoque. 
- CFOP: Utilizar o CFOP 5.927 (Lançamento efetuado a título de baixa de estoque decorrente de perda, roubo ou deterioração). 
- Impostos Estaduais (ICMS): A NF-e de CFOP 5.927 não tem destaque de ICMS. Contudo, você é obrigada a estornar os créditos fiscais de ICMS que foram tomados no momento da compra dessas mercadorias. O estorno é lançado diretamente na apuração do ICMS (SPED Fiscal / Registro E111). 
- impostos Federais (PIS/COFINS): Também deve ser realizado o estorno dos créditos de PIS e COFINS apropriados na entrada desses itens que foram perdidos.

Procedimento Contábil e Reflexo no Lucro Real
A baixa é registrada como despesa no resultado. Contudo, para o Lucro Real, a Receita Federal (Art. 303 do RIR/2018) só permite deduzir essa despesa se houver comprovação idônea da perda. 

D - Perdas Inventariadas / Quebras de Estoque (Resultado - Despesa)
C - Estoque (Ativo Circulante) 

Regra de Ouro da Dedutibilidade (IRPJ e CSLL):
1. Despesa Dedutível: Se a perda decorrer da própria natureza do bem (evaporação, quebra natural) dentro do limite aceitável do setor, ou se houver laudo de autoridade competente (ex: laudo da vigilância sanitária para produtos vencidos, ou Boletim de Ocorrência para roubos). 
2. Despesa NÃO Dedutível (Adição no LALUR): Se a perda ocorreu por mero erro de conferência, sumiço injustificado, negligência ou falta de documentação comprobatória. Nesse caso, o valor dessa despesa de baixa deve ser adicionado na apuração do Lucro Real (LALUR/LACS), pagando imposto sobre esse valor.