ICMS transporte CTE

Bom dia, tenho uma duvida e gostaria de auxilio se possível pois minha contabilidade não esta me dando retorno. Emitimos alguns CTES com o tipo de ICMS errado, eles deveriam ser emitidos com o 90 ICMS devido a UF de origem e ter recolhido o imposto com a guia de GNRE uma vez q a transportadora é de SC e os fretes foram prestados dentro do MT , porem foram emitidos com o 00 ICMS normal. Preciso consertar isso agora. Poderia estar emitindo um Cte substituição para mudar essa questão do ICMS e estar lançando o correto 90 e gerar a guia e pagar ? Fiz o questionamento dentro da plataforma do BSOFT porem ali o atendimento automático me diz q não, que eu poderia estar mudando apenas o valor do ICMS e não o tipo. (mensagem enviada pelo bsoft): Não, na substituição de valor do ICMS você não pode corrigir o “Tipo do imposto” (ex: de 00 Normal para 90 ).
A substituição serve só para ajustar os valores do ICMS na aba Valores > ICMS (e mesmo o CFOP, apesar de aparecer editável, não pode ser alterado nesse tipo de emissão).
alguém poderia me auxiliar ?