Emitir NF para CNPJ de outro estado, mas mercadoria para filial dentro do estado

Bom dia!

Pessoal,

Preciso mandar uma mercadoria para uma empresa de Matriz em Rio Claro - SP. Porém vou enviar para a filial, dentro do meu estado RS. Posso emitir para o CNPJ que tenho cadastrado (SP) e apenas no local de entrega, colocar o endereço da filial?

Ou devo alterar/criar novo cadastro para a filial, pois é outro CNPJ, Estado...