Daniele, bom dia !
Antes de tudo é importante analisar a natureza do serviço de transporte se municipal ou intermunicipal, isto é, onde começou e foi a concluída a prestação. Se começou em Macaé e terminou em Niterói é transporte intermunicipal (entre municípios) sendo tributado pelo ICMS (art. 2º-II da Lei nº 2657/96).
Art. 2º O imposto incide sobre:
I ......
II - prestações de serviços de transporte interestadual e intermunicipal, por qualquer via, de pessoas, bens, mercadorias ou valores;
No trecho realizado no município de Niterói há incidência do ISS (transporte intramunicipal) e está codificado no item 16.02 da Tabela Anexa à LC 116/03 com ressalva do imposto ser devido no local da prestação (art. 3º-XIX), logo o ISS é devido em Niterói.
Art. 3o O serviço considera-se prestado, e o imposto, devido, no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXV, quando o imposto será devido no local: (Redação dada pela Lei Complementar nº 157, de 2016)(Vide ADIN 3142)
(....)
XIX - do Município onde está sendo executado o transporte, no caso dos serviços descritos pelo item 16 da lista anexa; (Redação dada pela Lei Complementar nº 157, de 2016)
O transporte Niterói X Macaé é intermunicipal sendo tributado portanto pelo ICMS, como vimos.
Daí decorrem outras situações relacionadas ao porte do prestador e se, inscrito no cadastro estadual, possua autorização, concessão ou permissão para a excução do serviço na forma de fretamento contínuo, eventual ou turístico.
A presente análise se atine apenas em resposta a dúvida suscitada " local onde o ISS é devido" pois não há outros elementos para apreciação.