Em resposta a vossa consulta, quando falamos de comercialização interestadual (compra ou venda) e o seu diferencial de aliquotas, estamos tratando do "produto" em si e, não do Regime Tributário. Portanto, com certeza o diferencial de aliquotas entre estados vai existir, mesmo em se tratando de empresas do mesmo regime. Assim, você deverá procurar na legislação do Estado mecanismos que vão orientá-lo com relação a aliquota do produto que você irá comprar para ter certeza do percentual de diferença a ser aplicado. Na maioria dos casos, as notas de fora do Estado contém uma aliquota de 12%, restando a você verificar qual seria a aliquota do mesmo que é praticada dentro do Estado e, então, calcular a diferença.
De uma lida neste artigo que vai especificar perfeitamente a minha resposta: http://www.anatec.org.br/pagina_geral.asp?ID=256
Um abraço