Emissão em duplicidade e cancelamento de notas fiscais de serviço

Pessoal, gostaria da ajuda de vocês em relação a uma situação envolvendo a emissão de notas fiscais de um estacionamento.
A empresa de estacionamento, até então, não realizava a emissão de notas fiscais para todas as operações. Com as mudanças decorrentes da Reforma Tributária, isso vem sendo implementado gradualmente, e já havíamos iniciado a emissão de algumas notas, principalmente para clientes maiores que possuem mensalidades.
Recentemente, houve uma atualização no sistema utilizado pelo estacionamento, de forma que, ao gerar o cupom/ticket, o próprio sistema passou a emitir a nota fiscal. Como se trata de um estacionamento com grande rotatividade, o volume de notas tende a ser bastante elevado.
A gestão contábil/financeira desse estacionamento é realizada pela empresa onde trabalho. Ocorre que, no início deste mês, antes da implementação da emissão automática pelo sistema, eu já havia realizado a emissão das notas fiscais referentes às 104 vagas/mensalidades de um determinado cliente. Nesse momento, foram emitidas apenas 2 notas fiscais, pois todas as vagas pertencem ao mesmo cliente, e essas notas já foram encaminhadas a ele.
Porém, ontem, o responsável pelos lançamentos no sistema do estacionamento realizou  o lançamento das 104 mensalidades. Como o sistema já estava configurado para emitir a nota fiscal automaticamente, foram geradas 104 novas notas fiscais, referentes às mesmas operações que eu já havia faturado no início do mês.
Ou seja, temos atualmente uma duplicidade de emissão de notas fiscais, no caso, essas 104 emitidas via sistema do estacionamento. 
Minha dúvida é: qual seria o procedimento mais adequado nesse caso?
Estou pensando em realizar o cancelamento das 104 notas emitidas ontem,  pelo Portal Nacional, uma a uma. Porém, fiquei receosa quanto a possíveis consequências para a empresa em razão de um cancelamento de 104 notas fiscais em um curto período, principalmente por se tratar de uma quantidade elevada e repentina de cancelamentos.
Nesse caso, o cancelamento dessas 104 notas seria o procedimento correto? Existe algum cuidado específico ou alguma consequência fiscal que deveríamos observar antes de realizar os cancelamentos?