Boa tarde, Gabriela Reis da Silva!
Gabriela, eu começaria separando as duas operações:
1. Recebimento da soja como pagamento do arrendamento (dação em pagamento)
É necessário primeiro identificar qual documento fiscal acobertou a entrada da soja na empresa. Como a empresa não produziu a soja, não me parece correto tratar essa mercadoria posteriormente como "produção própria".
2. Venda da soja para a indústria
A empresa deverá emitir a NF-e de saída como revenda/comercialização de mercadoria recebida em dação, com o CFOP e a tributação correspondentes à operação efetivamente realizada.
3. FETHAB/IAGRO
Aqui está o ponto que precisa ser conferido antes de qualquer nova CC-e: verificar em qual etapa ocorreu a retenção, quem era o responsável e se a soja já entrou na empresa com FETHAB/IAGRO recolhido. A SEFAZ/MT prevê situações em que o adquirente faz a retenção e a deduz do valor pago ao remetente.
Portanto, eu não faria outra Carta de Correção simplesmente alterando informações. Primeiro levantaria:
documento fiscal da entrada da soja em dação;contrato de arrendamento/dação;
NF-e de venda para a indústria;CFOP original e CFOP alterado pela CC-e;
comprovantes de FETHAB/IAGRO pagos em julho;
demonstrativo da retenção;
e quem efetivamente produziu/remeteu a soja.
Com esses documentos é possível definir se a NF de junho precisa apenas de ajuste ou se será necessário outro procedimento fiscal.
Em resumo: sua linha de raciocínio está certa: primeiro documentar corretamente a entrada da soja recebida em dação; depois documentar a saída/venda dessa soja. O que eu evitaria é afirmar agora qual NF ou CFOP específico deve ser usado sem saber como a dação foi formalizada e de quem a empresa recebeu a soja.
Importante: existe um precedente muito interessante da própria SEFAZ/MT — Resposta à Consulta nº 114/2022, que trata de situação envolvendo arrendamento rural pago em soja e posterior comercialização dessa soja pelo arrendador. Vale a pena consultar essa orientação antes de fazer qualquer nova correção na NF-e, pois ela pode ajudar a definir como devem ser documentadas a entrada da soja e a posterior venda, inclusive quanto ao FETHAB/IAGRO.
Espero que ajude.