Mas Renan, isso o código 6.949 não é um código de remessa e sim de "outra saída de mercadoria ou prestação de serviço não especificado", Classificam-se neste código as outras saídas de mercadorias ou prestações de serviços
que não tenham sido especificados nos códigos anteriores.
No meu entender sim, tem que pagar o diferencial de alíquotas, a não ser que no teor do procedimento de envio conste evidências que relatem o não recolhimento. Acho que sua questão deveria ser formulada com mais detalhes do que realmente está acontecendo. No mais, o senhor terá que melhorar a questão postada, para que tentemos encontrar uma possível resolução da questão, ou se dirigir ao Posto Fiscal de sua cidade.
Fico no aguardo.