A bonificação não entra no calculo do simples, somente as saídas com os códigos 5.101 a 5.106, 5.111 a 5.120, 5.122 a 5.125, 5.401 a 5.403, 5.405, 5.501, 5.502, 5.651, 5.652, 5.653, 5.654, 5.655, 5.656 e 5.933 - venda de produção do estabelecimento em operação com produto sujeito ou não ao regime de substituição tributária, na condição de contribuinte substituto ou entre contribuintes substitutos do mesmo produto; venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros em operação com mercadoria sujeita ou não ao regime de substituição tributária, na condição de contribuinte substituto ou substituído; venda de produção do estabelecimento ou de mercadoria adquirida e/ou recebida de terceiros, efetuada fora do estabelecimento, que deva ou não por ele transitar; venda de produção do estabelecimento remetida anteriormente em consignação industrial ou mercantil; venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros remetida anteriormente em consignação industrial, remetida ou recebida anteriormente em consignação mercantil; venda de produção do estabelecimento ou de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros originada de encomenda para entrega futura, entregue ao destinatário por conta e ordem do adquirente originário, em venda à ordem; venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros entregue ao destinatário pelo vendedor remetente, em venda à ordem; venda de produção do estabelecimento ou de mercadoria adquirida e/ou recebida de terceiros remetida para industrialização, por conta e ordem do adquirente, sem transitar pelo estabelecimento do adquirente; industrialização efetuada para outra empresa mesmo quando a mercadoria recebida para utilização no processo de industrialização não transitar pelo estabelecimento adquirente; remessa de produção do estabelecimento ou de mercadoria adquirida e/ou recebida de terceiros, com fim específico de exportação; venda de combustível ou lubrificante de produção do estabelecimento ou adquirido ou recebido de terceiros, destinado à industrialização subseqüente ou à comercialização; e venda de combustível ou lubrificante de produção do estabelecimento ou adquirido ou recebido de terceiros destinado a consumidor ou usuário final, prestação de serviço tributado pelo ISSQN.
Obs: não esquecendo de deduzir as devoluções de venda.