Transferência de mercadorias entre matriz x filial

Olá amigos.
Minha empresa administra uma filial em outra cidade (mesma unidade federativa). Somos do ramo atacadista e ocorre que ainda não estruturamos a filial com um sistema de gestão integrado à matriz, com isso, as mercadorias destinadas à filial (compras de mercadoria para comercialização) são lançadas no sistema da filial (via acesso remoto) e a venda (emissão de notas fiscais) é feita utilizando so sistema da matriz.
O que fazemos, nos dia de hoje, assim que a nota fiscal é recebida na filial, damos entrada no sistema utilizando um codigo e descrição especificos para mercadorias que sejam estejam na filial. Após ser dado entrada, como a venda é feita pelo sistema matriz, fazemos uma transferencia do estoque da filial para a matriz.

Pelo que andei pesquisando, isso não é o correto. O que posso fazer para continuar com a operação.

Abraços

Gilberto,

A saída é feita pela matriz eo produto está saindo da Filial?
Quando vc escritura vc coloca para a filial, constando no livro de entrada da filial?

Isso, a movimentacao "virtual"das mercadorias acontece na matriz, porém, parte da mercadoria fica na filial.