Olá Rodrigo, sou de São Paulo, mas talvez os procedimentos sejam os mesmos.
Os CF podem ser emitidos tanto para dentro como para fora do estado, pois quando fazemos a escrituração, além de lançar as reduções Z, temos de lançar também as notas fiscais, com CFOP´s diferente para não duplicar o faturamento. Esses Cfop´s são o 5.929 e 6.929(Lanç.efetuado em decorrência de emissão de doc. fiscal relativo a operação/prestação também registrada em equip. Emissor de Cupom Fiscal ECF).
Dessa forma tanto faz para onde o Cf tenha sido emitido, pois a regularização será feita qundo do lançamento da NF.
Vc pode também, ao lançar a redução Z, separar o que foi para dentro e para fora do estado, elançar cada um com seu CFOP. Ou no caso de vc lançar direto o CF, lançar com o 6.102