Na compra dos materiais para construção da máquina, você aplica o crédito normal que constitui as notas de entrada. E depois quando for vender a máquina, que pelo que entendi seria o produto acabado do seu cliente, é aplicada a redução na base de cálculo conforme o convênio 52/91, devendo tributar o ICMS de saída sobre a base de cálculo reduzida do bem que está vendendo.
Por exemplo: Sua máquina vale R$ 100.000,00 , portanto a BC será R$ 73.330,00 , e você aplicará aliquota 12% em cima disto, que daria R$ 8799,60 de ICMS a debitar.
Este valor não possui interferência nenhuma nos créditos que você irá possuir nos insumos para confecção da máquina.
Seria este o intuito da pergunta? espero ter esclarecido...
"O homem só é grande, quando ele se ajoelha, diante do senhor, pra tomar puxão de orelha" - Trilha Sonora do Gueto