boa tarde
O custo inclui os impostos não recuperáveis, a saber no comércio, o IPI e I.I. por exemplo. Adiciona também as despesas relativas a frete, seguros e despesas acessórios contidas na nota fiscal de compra.
Tanta na venda, quanto na baixa por perda você deve baixar com base nestes custos para você ter um valor correto de estoque. Quando a mercadoria entrou no estoque estava incluso os impostos não recuperáveis e, portanto, quando da baixa por qualquer motivo, não for baixados também, os mesmos ficarão sobrando, causando divergências com o inventário.
Espero ter lhe ajudado.
Atenc.