Adriana, boa noite.
Entendo que poderia adotar o seguinte procedimento:
1 - Faça uma devolução (simbólica) ao emitente de SP, informando no corpo da NF que a mercadoria seguirá por conta e ordem de terceiros para a empresa tal (SC) - qualifique-a.
2 - Emita nota fiscal de simples faturamento para o destinatário de SC, informando que a mercadoria segue por conta e ordem da empresa de SP - quem enviou a mercadoria para a industria - (qualifique-a).
3 - A empresa de SP, em contrapartida, emitirá nota fiscal (de venda, por exemplo) para o cliente de SC, informando no corpo da NF que a mercadoria será retirada de sua empresa.
Dado a eventuais mudanças, é assim que funciona nas operações de comércio. Adeque ao ramo de indústria.
Em linhas gerais, a triangulação processar-se-à dessa forma.
Att
Hugo.