Caro Toninho, bom dia.
No seu relato, voce não mencionou quais tipos de notas a empresa emitiu no período em que estaria obrigada ao uso da NF-e.
Caso tenha utilizado a mod. 1, tais documentos poderão ser considerados inidôneos, EXCETO se o contribuinte espontaneamente relatar (por escrito) o erro cometido à fiscalização, a fim de reconhecer o erro e solicitar solução para o problema apresentado.
Sobre a espontaneidade, veja o que diz o Art. 138 do CTN - Código Tributário Nacional:
Art. 138. A responsabilidade é excluída pela denúncia espontânea da infração, acompanhada, se for o caso, do pagamento do tributo devido e dos
juros de mora, ou do depósito da importância arbitrada pela autoridade administrativa, quando o montante do tributo dependa de apuração.
Parágrafo único. Não se considera espontânea a denúncia apresentada após o início de qualquer procedimento administrativo ou medida de fiscalização, relacionados com a infração.
Portanto, caso tenha ocorrido emissão das NFs mod. 1, deverá agir com extrema urgencia para solucionar o problema, já que se a fiscalização se pronunciar antes do contribuinte, não haverá o que se falar em espotaneidade.
Já por outro lado, caso tenha emitido somente NFVC ou ECF, não terá nenhum problema, já que nessas operações, a NF-e não se fez exigida.
Att
Hugo.