Entendo sua situação, isto já aconteceu com um cliente meu...
Já passei em empresas que aplicam diferentes regras para este caso, lembrando que seria um alerta, e não um erro:
Certas empresas adotam a CST 041 (não tributada);
Outras adotam 090 (outras);
E outras, deixam em branco, simplesmente não preenchem o campo.
Para mim, estes três exemplo acima estão errados.
Citarei o preenchimento deste campo de acordo com o manual EFD:
"Preenchimento: Nos documentos fiscais de emissão própria o campo deverá ser preenchido com o código da Situação Tributária sob o enfoque do declarante. Nas operações de entradas (documentos de terceiros), deverá ser informado o CST que constar no documento fiscal de aquisição dos produtos, exceto se a legislação da unidade federada dispuser em contrário. Nas operações de aquisição de produtos de empresas do Simples Nacional, deverá ser indicado somente o constante a nível de item (CSOSN), isto é, a tabela B do Ajuste SINIEF nº 03/2010.
Validação: o valor informado no campo deve existir na Tabela da Situação Tributária referente ao ICMS, constante do
Artigo 5º do Convênio SN/70 e/ou Ajuste SINIEF nº 03/2010.
Outras regras a serem executadas somente nas operações de saídas:
ICMS Normal:
a) se os dois últimos dígitos deste campo forem iguais a 30, 40, 41, 50, ou 60, então os valores dos campos
VL_BC_ICMS, ALIQ_ICMS e VL_ICMS deverão ser iguais a “0” (zero);
b) se os dois últimos dígitos deste campo forem diferentes de 30, 40, 41, 50, e 60, então os valores dos campos
VL_BC_ICMS, ALIQ_ICMS e VL_ICMS deverão ser maiores que “0” (zero);
c) se os dois últimos dígitos deste campo forem iguais a 20, 51 ou 90, então os valores dos campos
VL_BC_ICMS, ALIQ_ICMS e VL_ICMS deverão ser maiores ou iguais a “0” (zero).
ICMS ST:
a) se os dois últimos caracteres deste campo forem 10, 30 ou 70, os valores dos campos VL_BC_ST, ALIQ_ST
e VL_ICMS_ST deverão ser maiores ou iguais a “0” (zero).
b) se os dois últimos caracteres deste campo forem diferentes de 10, 30 ou 70, os valores dos campos
VL_BC_ST, ALIQ_ST e VL_ICMS_ST deverão ser iguais a “0” (zero)."
Mesmo surgindo alerta, o que interpreto é que deve ser utilizada a CST 000, mesmo se tratando de uso e consumo, você inclusive, pode informar a alíquota do ICMS, porém no seu ERP, deve haver algum parâmetro para não se tomar crédito de ICMS desta aquisição.
Qualquer dúvida estou a disposição.
Abraços.