NF x Pedido - Valor Diferente

Amigos Contabilistas:

Preciso resolver um problema, mas quero um embasamento legal e contábil para passar para o empresário.
A empresa está adquirindo produtos de uma empresa de SP participante do SIMPLES NACIONAL. Acontece que os produtos registrados nas notas fiscais estão com valores menores dos que constam nos pedidos de compras, sendo estes últimos os que foram pagos.
Para piorar, o empresário é usuário do sistema ECF e está registrando os produtos pelo valor que ele pagou, que no caso, é o da nota fiscal.
Acredito que a vantagem disso tudo, se eu desconsiderar a irregularidade do ato, favorece somente o fornecedor. Talvez ele faça isto para não sair do enquadramento, certo?
E qual o risco que o empresário esta correndo?

Senhores,

Corrigindo o questionamento acima, quando eu falei que o empresário pagou o valor constante na nota fiscal, me equivoquei, pois eu queria dizer que pagou o valor registrado no pedido. Neste caso, o valor maior.