Quanto ao CFOP 5.405, a princípio parece estar incorreto, mas como o ICMS é imposto estadual, é preciso verificar, pois o Estado de São Paulo vem promovendo inúmeras alterações na legislação interna no que se refere à aplicação desse regime. Portanto, merece uma melhor análise para esclarecê-la.
Quanto ao comércio varejista, o meu entendimento é essas "outras empresas" também sejam consumidores finais, e dessa forma, aplica-se a mesma escrituração. Até porque o comércio varejista deve receber suas mercadorias com ICMS substituição tributária.
P.S. Saliento que são regras gerais, pois faz-se necessário verificar a legislação do Estado de São Paulo para a correta aplicação.