Pelo que conheço de ST sempre predominará perante os demais casos, portanto se a mercadoria está sujeita ao regime ST deverá vir com destaque no respectivo campo, caso não tenha sido destacado o ICMS ST deverá ser cobrado no primeiro posto fiscal do estado de destino que a mercadoria entrar. Casa não haja PF (como soube que em SP não há mais PF) deverá ser escriturada e recolhida obdecendo os prazo que a SEFAZ determinar. geralmente há tolerância de algo em torno de 8 dias. A diferença de alíquota é cobrada apenas nos demais casos em que não há ST e o prazo será diferente para contribuinte credenciado ou não do fronteiras. Espero ter ajudado.
Marcos Branco
Gestor de Sistemas Tributários
SEF/DEF/SINTEGRA - UGST8/DRT
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