Bom dia
Paulo
Se a empresa que o senhor prestou serviço for substituta (a reter e recolher pelo senhor) vai está obrigada a reter o seu iss mesmo o senhor sendo do simples. No caso o sehor deve colocar no corpo da nota a sua aliquota do iss do simples, se não destacar o tomador está obrigada a destacar o 5%. Veja o link da prefeitura
www.sefin.fortaleza.ce.gov.br
"optantes do Simples Nacional
O tomador de serviço, na qualidade de responsável tributário, inclusive como substituto tributário, deverá reter e recolher o ISSQN dos prestadores de serviços optantes pelo Simples Nacional, de acordo com a alíquota destacada na Nota Fiscal de Serviços, conforme disposto no § 4° do artigo 21 da Lei Complementar nº 123/2006.
No caso do prestador de serviços optante pelo Simples Nacional não emitir a Nota Fiscal de Serviços ou deixar de destacar a alíquota, o tomador deverá reter e recolher o tributo pela alíquota de 5% (cinco por cento).
Se o prestador de serviços não for optante do Simples Nacional, o tomador deverá reter e recolher o ISSQN na forma da legislação tributária do Município."
Espero que tenha ajudado