Daniel,
Veja o que dispõe o Inciso XV-A, do Art. 115, do RICMS/2000.
Artigo 115 - Além de outras hipóteses expressamente previstas, o débito fiscal será recolhido mediante guia de recolhimentos especiais, observado o disposto no artigo 566, podendo efetivar-se sem os acréscimos legais, tais como a multa prevista no artigo 528 e os juros de mora, até os momentos adiante indicados, relativamente aos seguintes eventos
XV-A - na entrada em estabelecimento de contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - “Simples Nacional”, até o último dia útil da primeira quinzena do mês subseqüente ao da entrada:
a) de mercadoria destinada a industrialização ou comercialização, material de uso e consumo ou bem do ativo permanente, remetido por contribuinte localizado em outro Estado ou no Distrito Federal, o valor resultante da multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual pela base de cálculo, quando a alíquota interestadual for inferior à interna (Lei Complementar federal 123/2006, art. 13, § 1°, XIII); (Redação dada à alínea pelo Decreto 52.858, de 02-04-2008; DOE 03-04-2008)
§ 6º - Relativamente ao inciso XIV, a informação do recolhimento será apenas indicada no campo "Observações" do Livro Registro de Apuração do ICMS, com a expressão "Recolhimento Especial de Imposto, nos termos do § 6º do artigo 115", vedado qualquer lançamento no quadro "Crédito do Imposto". (Redação dada pelo Decreto 45.824 de 25/05/01; DOE 26/05/01; efeitos a partir de 01/06/01)
Para o cálculo verifique a Portaria Cat 75/2008
Portanto, deve-se recolher o diferencial de alíquotas, quando da aquisição de mercadorias destinadas a industrialização ou comercialização, material de uso e consumo ou bem do ativo permanente, remetido por contribuinte localizado em outro Estado ou no Distrito Federal, quando a alíquota interestadual for inferior a interna.
Qualquer dúvida, poste novamente.
Att.
Adalberto