Bom dia Edson!
Caso a empresa preste serviços de transporte de passageiros intermunicipal ou interestadual, há a tributação pelo ICMS, conforme determina o Art. 1º, Inciso II do RICMS/SP:
Artigo 1º - O Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação (ICMS) incide sobre (Lei 6.374/89, art. 1º, na redação da Lei 10.619/00 , art. 1º, I):
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II - prestação de serviços de transporte interestadual e intermunicipal, por qualquer via;
Neste caso a empresa tem a obrigatoriedade da emissão da nota fiscal modelo 7, conforme determina o Art. 147 do RICMS/SP:
Artigo 147 - A Nota Fiscal de Serviço de Transporte, modelo 7, será emitida, antes do início da prestação do serviço, por agência de viagem ou por transportador, sempre que executar, em veículo próprio ou afretado, serviço de transporte interestadual ou intermunicipal de pessoas, tal como do tipo turismo ou fretamento por período determinado (Lei 6.374/89, art. 67, § 1º, e Convênio SINIEF-6/89, arts. 10, I e parágrafo único, na redação do Ajuste SINIEF-14/89, cláusula primeira, II, e 12, com as alterações dos Ajustes SINIEF-1/89, cláusula segunda, e SINIEF-14/89, cláusula primeira, III).
Por outro lado, caso a empresa realize transportes de natureza municipal, a tributação é pelo ISSQN, conforme determinação da Lei Complementar 116/2003.