O contribuinte paulista que adquirir, em outra Unidade da Federação, mercadorias destinadas a uso e consumo ou a Ativo Imobilizado de seu estabelecimento deverá recolher o imposto correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual, salvo quando, expressamente, o Estado de São Paulo, fundamentado em convênio, conceder a isenção referente ao diferencial de alíquota. Essa obrigação permanece mesmo quando o Estado remetente tenha concedido isenção do imposto que lhe cabe.
Dessa forma, o contribuinte, ao adquirir mercadorias para integrar seu Ativo Imobilizado ou para uso e consumo do seu estabelecimento em operação interestadual isenta realizada com ME/EPP de outra UF, deverá pagar o imposto referente ao diferencial de alíquota, considerando a base de cálculo e a alíquota que seriam normalmente adotadas na operação interestadual caso não houvesse a concessão do benefício pelo Estado de origem, de forma que o valor do ICMS integre a sua própria base de cálculo para essa operação.
Para tanto, deverá, no período em que a mercadoria tiver entrado no seu estabelecimento, escriturar no Livro Registro de Apuração do ICMS como débito, no quadro "Débito do Imposto - Outros Débitos", o valor do imposto decorrente da aplicação da diferença entre a alíquota interna e a interestadual sobre a base de cálculo com o ICMS, que seria cobrável no Estado de origem, caso não houvesse o benefício, já embutido nela.