Vaf/Damef

Boa Tarde!!!

Comecei a trabalhar em uma empresa uns 50 dias +/- e tem algumas situações me causando dúvidas.
Uma fiscal tributária do municipio (onde localiza a empresa que trabalho) enviou um oficio para a AF solicitando a fiscalização das notas de entrada e saida da empresa , pois a VAF que a contabilidade transmitiu veio a dar negativa (-), sendo assim, o municipio nao está recolhendo o imposto devido. Faz pouco tempo que estou trabalhando na area contabil e gostaria de entender o que pode ocasionar a VAF dar negativa e o que fazer para arrumar, para que nao continue ocorrendo esse tipo de situação. Para que os devidos valores a serem recolhidos sejam informados corretamente.
A fiscalizaçao solicitada foi para os anos de 2009 e 2010 e as notas ja foram entregues quase que ano para a mesma e ate hoje nao obteve nenhum retorno. Há possibilidade de algum problema? Alguma multa?
att

Observe, o VAF é Valor Adicionado Fiscal. o VAF fara com base nos valores demonstrados no DAPI que sera entregue mensalmente, estou tentando imaginar o porque de dar negativo. A situação que estou imaginando são os créditos de icms que a empresa pode ter, mas mesmo assim não tornara negativo, mas sim crédito a compensar.

Vou pesquisar a respeito.
Contato: @Oculto