Substituição tributaria

Boa tarde!

Não tenho muito conhecimento do assunto, será que alguem pode me ajudar?!

É o seguinte: um cliente meu comprou um produto de uma empresa do Rio de Janeiro com o seguinte NCM: 8517.62.77 e nos enviou a nota para fazermos o ajuste, porem informei que o produto não está em ST, conforme a lei que eu tenho(Portaria CAT 172- 12/2011). Ele então me enviou uma outra nota do mesmo produto com o mesmo NCM que ele comprou de uma empresa aqui em São Paulo com o CFOP 5405 (ou seja com substituição) e disse que já vendeu o mesmo utilizando o mesmo CFOP com substituição. Agora ele quer saber o que deve fazer?! Cancelar a nota que ele vendeu?! E os outros produtos que ele comprou de fora de São PAulo., como proceder?
O que é correto nesse caso? Eu liguei para essa empresa de São Paulo e eles me informaram que compram o produto da D- Link também com substituição.

É possivel uma empresa vender com substituição e outra não?!

Não tenho muito conhecimento do assunto se alguem puder me orietar foi ficar muito agradecida.

No aguardo,

Luciana