Geraldo Junior Ferreira Silva,
A sua mensagem está um tanto confusa. Apesar de voce se definir como auxiliar de contabilidade, dá a entender que voce tem um comércio de auto-peças e vende para consumidor final, correto?
Então vamos lá, os CFOP's que voce cita devem ser das notas de entrada. É preciso entender o que os códigos significam e em termos gerais o primeiro dígito do CFOP indica a "origem" da transação, 5 para dentro do estado e 6 para outro estado, no entanto não se restringem a estes dois números, há outros também.
CFOP com final 401 se referem a produtos oriundos de fabricantes e que estão no regime de substituição tributária. No caso 6.401 é um produto oriundo de fora do estado e o ICMS-ST foi recolhido antecipadamente pelo emitente da NF e existe protocolo celebrado, por isto a GNRE precisa acompanhar a NF.
CFOP com final 404 indica que o ICMS-ST já foi recolhido anteriormente, logo não há recolhimento de ICMS normal, nem antes e nem depois.
CFOP com final 403 indica que o emitente da NF é o contribuinte substituto, ou seja, recolhe o ICMS-ST no lugar do destinatário da NF. Como o primeiro dígito é 5, então eu presumo que o emitente seja um importador da mercadoria, sendo assim ele faz o recolhimento do ICMS-ST como o fabricante (que tem um prazo para recolher o tributo) e não emite GNRE, mas destaca o ICMS-ST e cobra do destinatário.
GNRE é abreviatura de Guia Nacional de Recolhimento de Tributos Estaduais, logo a mesma só acompanha operações entre estados.
Espero que eu tenha entendido as suas dúvidas e as tenha sanado.