Bom dia, Marcus!
O assunto é tão carente de amparo legal, que é dificil elucidar a questão.
Eu nao costumo emitir nota fiscal ate porque nao achei base legal para isso. As mercadorias compradas para revenda, porem utilizadas como uso e consumo, eu faço controle interno para o fisco(quando ouver) e depois dou baixa manualmente e informo na GIA.
Na verdade vc precisa ter um controle interno que demonstre as mercadorias compradas para comercialização e que te deram crédito do ICMS, mas que foram consumidas para efeito de estornar o imposto creditado no momento da entrada.
O ICMS dessa peça utilizada na empresa, vc faz um estorno do credito no livro de apuração .