CFOP e suas classicações fiscais

Bom dia aqui na minha empresa estamos com duvidas com relação a CFOP pois temos um software de controle de transportadoras e nos deparamos com a seguinte questão temos um cliente que utiliza variados tipos de classificações tributarias no mesmo CFOP ex: ele envia uma carga de dentro do estado para fora do estado ,mas a alicota de ICMS é normalmente de 7% mas neste caso passou a ser de 12% para um determinado cliente.
neste caso como devo proceder com relação ao meu sistema pois atualmente o meu sistema só permite que seja cadastrado um tipo de classificação para cada CFOP.
neste caso é correto eu permitir o cadastro de mais de uma classificação para cada CFOP?
em quais casos isso pode ser aplicado?
e quais serial mais comuns?

André, boa tarde

O CFOP não será caracterizado de acordo com a aliquota e sem pela operação, ou seja, se é produto normal, substituição tributaria...