Gabriel Boa tarde.
Tudo bem.
Conforme está prescrito na lei complementar 116, que é a lei federal do ISS.
Prescreve que a liquota maxima cobrada pelo ISS por serviço e municipio é de 5%.
Cada municipio cobra mediante cada serviço uma determinada aliquota que pode ter um incedito de 0% a 5 % do valor da nota.
Como você disse para o seu mucipio a aliquota para o seu serviço é 3% e realmente não tem como mudar.
Toda prefeitura dibonibiliza uma lista de serviço e aliquotas a ser cobras, ai conferindo com esta lista você confirma a sua aliquota, geralemte no site da prefeitura fica disponivel esta tabela.
Você só se isenta da taxa se a sua empresa fosse tributada pelo Simple Nascional, pois neste caso o imposto é recolhido por aliquota unica.
Mas como você acabou de informar a sua empresa deve ser optante pelo lucro presumido.
Espero ter ajudado, muito obrigado.