NF-e fora de ordem

Bom dia amigos do fórum, estou com Problemas a respeito a emissão de nota fiscal eletrônica, meu cliente emiti nota eletrônica na matriz e filial e aconteceu que o programador foi lá e não sei o que fez no micro e começou emitir nota fiscal eletrônica com numeração da matriz mas com o CNPJ da filial isso foi em 20/08/2012 até 27/08/2012, e somente agora dia 18/09/2012 que eu constatei o problema, a pergunta é:
Tem alguma coisa a fazer a respeito disso agora dia 20/9/2012?

Deverá fazer um processo e entrar junto a SEFAZ com o intuito de cancelar ou inutilizar as numerações utilizadas e depois lavrar o fato no livro de ocorrencia.