Thiago,
Infelizmente COMVENIO não existe, o que há é um "entendimento" por parte de cada "fiscal" vamos dizer assim.
Nos processos judicias que acompanhei, todos que tiveram as datas de emissão e saída superiores ao "tempo" que levaria a mercadoria para seguir na data da emissão e a mesma NF ter retornado a origem requerem uma série de justificativas para ser defendida.
Eles imaginam que a mercadoria saiu retornou ai foi colocada o carimbo da data de saída, consequentemente estaria sendo usada a mesma NF para 2 remessas.
Se não tem uma justificativa SÓLIDA para essa ocorrencia, CANCELE a NF e emita uma nova, isso é mais prudente e evita grandes dores de cabeça.
Abraços!