Luis, boa tarde.
A incidência do diferencial de alíquota esta previsto na CF 88, artigo 155, inciso VIII. No regulamento do estado de SP no artigo 117.
Artigo 117 Em caso de entrada, real ou simbólica, de mercadoria oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado, ou de utilização de serviço cuja prestação se tiver iniciado fora do território paulista e não estiver vinculada a operação ou prestação subseqüente alcançada pela incidência do imposto, sendo a alíquota interna superior à interestadual, o contribuinte deverá escriturar no livro Registro de Apuração do ICMS, no período em que a mercadoria tiver entrado ou tiver sido tomado o serviço (Lei 6.374/89, art. 59):
Os serviços que estão sujeitos ao ICMS são o de transporte de serviços de transporte interestadual e intermunicipal e de comunição.
Qual o serviço foi prestado? Pois dependendo do serviço é de competência ao ISS!
Qual o regime de apuração da sua empresa?