Boa Tarde Michele.
A empresa está em SP, e tomou serviços de uma empresa que está em outro município.
A legislação de SP é um pouco complexa quanto a isso, por exemplo:
Se a empresa prestadora do serviço tiver cadastro no CEPOM, (cadastro de contribuintes de outros municípios.) não haverá retenção do ISS por parte do tomador do serviço.
Porem se o prestador não está cadastrado no CEPOM, haverá a retenção, se a empresa que prestou o serviço for optante pelo Simples a retenção incidirá sobre a proporção do ISS na alíquota que a empresa se enquadra, se ela não for você terá que conferir a tabela do ISS retido, e ver qual a alíquota a reter.
Quando você toma serviços de outros municípios, o tomador do serviço é obrigado a emitir no site da prefeitura a NFTS. Nota fiscal do tomador de serviços.
Espero ter ajudado e muito obrigado.