Regularização de estoque físico com o contábil

Olá! Sou nova no fórum e achei muito interessante alguns assuntos que li aqui para conhecer o site.
A dúvida que tenho já foi respondida parcialmente em outro tópico porém ele não é tão recente...

Fiz a contagem de estoque na minha empresa e deu divergêcias consideráveis de entrada e saída de produtos entre o estoque contábil e o físico. No outro tópico, vcs já explicaram como contabilizar este ajuste, porém a dúvida que me resta é quanto a emissão da nota.

A empresa é de débito e crédito e temos protudos tanto de substituição tributária quanto produtos tributados. Minha dúvida é como devo emitir a nota fiscal de ajuste. Qual o CFOP correto? Devo emitir uma nota de entrada e outra de saída? Na nota de entrada devo calcular a Substituição tributária desses produtos? Na nota fiscal de saída devo recolher o imposto dos produtos tributados?

Estou com um pouco de urgência desta informação, se vocês puderem me ajudar eu agradeço.