Bom dia!
O Saldo Credor, você transfere para a Matriz, ou vice-versa, o ideal é transferir para quem tem o crédito maior, ou seja, não é necessário ser para a Matriz, propriamente dito. O Seu Sistema tem essa opção? É importante que o seu Sistema tenha essa opção, pois facilitará a sua vida.
O procedimento é assim: vamos supor que você irá proceder com essa transferencia da Filial, para a Matriz:
Na Filial, primeiramente, você vai fazer o seguinte procedimento: vai debitar da Filial com a operação Propria, utilizando o Sub-item 218 (Transferencia de Saldo Credor para Estabelecimento Centralizador), conf. art. 98, III do RICMS/00. No detalhamento, voce colocara a IE do estabelecimento que vai receber o credito (neste caso, a Matriz).
Depois disso, você vai creditar na Matriz (neste caso), com Operação Propria, utilizando o sub-item 730 (Recebimento de saldo credor - estabelecimento centralizador), Conf. Artigo 99 do RICMS/00. No detalhamento voce vai destacar a Inscricao Estadual da Empresa que esta enviando o credito, neste caso, a Filial.
Espero ter ajudado!