Olá Julio, O MEI realmente está dispensado de emitir nota fiscal para consumidor pessoa física, porém, estará obrigado à emissão quando o destinatário da mercadoria ou serviço for pessoa juridica, salvo quando esse destinatário emitir nota fiscal de entrada.
Não terá problemas da não emissão da Nota fiscal ao consumidor final/PF porque tem essa previsão legal de ser facultativo, ou seja, fica a seu critério. No entanto, você poderá perder o seu cliente com essa negativa, sugiro que explique ao seu cliente solicitante P.F. que você está dispensado da emissão, havendo resitência do cliente pela precisão da NF, e, caso queira manter a relação comercial emita a nota fiscal.
Procure uma gráfica credenciada, normalmente eles mexem com toda a papelada, ou seja, eles fazem uma ponte entre o empresário e a secretária de estado, ou você mesmo pode fazer os requerimentos e tudo mais.
OBS: Fiz a citação supondo que é empresa comercial, se for serviço, o requerimento/credenciamento é feito junto a prefeitura.
Espero ter ajudado
Att.
Vanderlei