Bom dia Fabio,
Na transferencia de mercadoria entre matriz e filial tem estes dois CFOP's:
5.151:Transferência de produto industrializado ou produzido no estabelecimento para outro estabelecimento da mesma empresa.
5.152:Mercadoria adquirida ou recebida de terceiros para industrialização, comercialização ou utilização na prestação de serviço e que não tenha sido objeto de qualquer processo industrial no estabelecimento, transferida para outro estabelecimento da mesma empresa
No caso será 5.151 por ser industria.Quanto a tributação de ICMS será feita a tributação normal do produto, se ele é tributado a aliquota de 12% por exemplo a nota deverá ser emitida com ICMS mesmo que seja para filial dentro do estado.
Apesar da Legislação Federal dizer que transferencia entre estabelecimentos da mesma empresa nao é tributado, a legislação estadual diverge dizendo que deve ser tributado.
Portanto voce pode fazer sem ICMS mas terá que brigar na justiça depois.
Por isso fazemos com ICMS para evitar brigas com o estado, ate porque isso chamaria a atenção para uma possivel fiscalização!!
Att.