Regularização de estoques fiscais

Compramos e vendemos papel velho, sucatas de papel, e temos tido problemas na regularização de nosso estoque fiscal haja vista que as mercadorias que comercializamos tem aumento natural de peso em virtude do aumento da umidade.
Os papéis depois de enfardados são colocados ao " ar livre " sujeito a intempéries e o resultado ao longo do tempo tem sido o aumento de peso do estoque, dessa forma, confrontando nossas escriturações de entradas e saídas e ainda nosso livro de inventário, há falta de entradas, vez que não podemos emitir nota fiscal de entrada de água em nome do fornecedor " São Pedro " ( mesmo pessoa física! ), com valor de compra igual a " zero " ( vez que não haverá lançamento de pagamento! ) como podemos proceder para realizar o ajuste fiscal de nosso estoque?