Retenção de ISS

Prezados Srs.,

Tenho uma dúvida:

A empresa "X" (Entidade privada sem fins econômicos domiciliada em São Paulo) fechou contrato com a empresa "Y" (Órgão público do poder executivo domiciliada em Brasília) no valor de R$ 120.000,00 (Cento e vinte mil reais) pelo prazo de 12 meses, pela prestação de serviços (...), devendo a prestadora de serviços receber mensalmente 10.000,00 (Dez mil reais).

Acontece que alguns meses após o inicio do contrato, o tomador alegou que foram retiradas algumas atividades que constava no contrato e que diminuiriam os valores pagos a prestadora dos serviços (não foi feito termo aditivo do contrato).

Considerando o exemplo acima, o valor do contrato era de 10.000,00 mensais, porém foi reduzido para 5.000,00.

A prestadora de serviços por sua vez, sem haver termo aditivo de contrato, emitiu a nota fiscal no valor de R$ 10.000,00 conforme consta do contrato de prestação de serviços.

Acontece que o tomador de serviços considerou o valor de 5.000,00 para realizar o pagamento à prestadora e reteve o ISS sobre o valor de 10.000,00.

Juridicamente falando, acredito que temos o direito de cobrar eles posteriormente.

Porém no lado empresa, pagamos o imposto sobre um valor que não recebemos.

Há alguma ilegalidade? Qual a fonte do direito?