Boa tarde Paula,
Certamente, esta pessoa física não ira (nem pode) recolher o IRRF em nome de sua empresa, em tão pouco, informar na DIRF. Assim sendo, não poderá compensar o IRRF sobre esta NF, com o devido sobre as atividades próprias da empresa (IRPJ), acarretando assim, pagamento em duplicidade.
Neste caso, deve tentar junto ao seu Cliente (PF) o reembolso deste valor, visto que o mesmo pagou o valor líquido da NF, conforme exposto por Você.
Ver a seguir, Item 24 do parágrafo 1º do Artigo 647 do RIR/99, Decreto 3.000/99:
CAPÍTULO II
RENDIMENTOS DE PESSOAS JURÍDICAS SUJEITOS A ALÍQUOTAS ESPECÍFICAS
Seção I
Rendimentos de Serviços Profissionais Prestados por Pessoas Jurídicas
Pessoas Jurídicas não Ligadas
Art. 647. Estão sujeitas à incidência do imposto na fonte, à alíquota de um e meio por cento, as importâncias pagas ou creditadas por pessoas jurídicas a outras pessoas jurídicas, civis ou mercantis, pela prestação de serviços caracterizadamente de natureza profissional (Decreto-Lei nº 2.030, de 9 de junho de 1983, art. 2º, Decreto-Lei nº 2.065, de 1983, art. 1º, inciso III, Lei nº 7.450, de 1985, art. 52, e Lei nº 9.064, de 1995, art. 6º).
§ 1º Compreendem-se nas disposições deste artigo os serviços a seguir indicados:
24. medicina (exceto a prestada por ambulatório, banco de sangue, casa de saúde, casa de recuperação ou repouso sob orientação médica, hospital e pronto-socorro);